Петро І скоро вдарив по самих основах Української Церкви, бо знищив те, на чому мусить стояти кожна Православна Церква, - її соборноправність. Вищою церковною владою в Україні були собори, крайовий та єпархіяльний - їм тепер прийшов кінець. Усі духовні посади в Українській Церкві, від митрополита й аж до паламаря, були виборні - тепер скасовано й це.
Петро I, як відомо, перепровадив в Росії широкі реформи, що порушили його царство до самої глибини. Російське духовенство в своїй більшості було проти цих реформ і дошкульно їм перешкоджало, чим тільки могло. По краю почали ширитися найрізніші непристойні памфлети на царя, авторами яких було духовенство, насамперед ченці, через що Петро видав 1701 р. навіть такого дивацького наказа: «Монахи в кельях никаковых писем писати власти не имеют, чернил и бумаги в кельях имети да не будут, но в трапезе определенное место для писания будет, и то с позволения начального» (Полное собрание законов Российской империи. Т. IV. № 1835; Див.: Скабичевский. Очерки истории русской цензуры. Спб., 1892. С. 4).
Патріарх Адріян був сильно незадоволений новими реформами, про що добре знав цар Петро. З натури своєї Петро був самовладцем і не хотів ділитися владою ні з ким. Він добре бачив, що патріарх має велику силу в Церкві, і постановив цілком підпорядкувати її собі, як то було за митрополитів. Ось тому, коли 1700 р. помер патріарх Адріян, то Петро не призначив йому заступника й відкрито, рве з вищим духовенством.
Петро рано запримітив разючу різницю поміж культурним і широко освіченим духовенством українським та темним і духовно зашкарублим московським. Він звернув увагу на освіченого українця Степана Яворського й призначив його відразу митрополитом Рязанським, а по смерті патріарха Адріяна - заступником (містоблюстителем) патріарха. І двадцять літ Петро не призначав патріарха, поволі прибираючи церкву до своїх рук, так що навіть терпеливий Яворський перейшов у тиху опозицію супроти царя.
Покінчивши свої реформи, Петро береться за Церкву. Полюбився йому ректор Київської Академії Феофан Прокопович, що публічно привітав був царя гарячою промовою, як той вертався з баталії під Полтавою 1709 р. Року 1718-го Феофан став єпископом Псковським і найближчим дорадником та співробітником Петра по церковних справах. Ось цьому Феофанові Петро й доручив виробити нового статута Російської Церкви, переказавши йому свої побажання. Прокопович постарався, і 25 січня 1721 р. такий статут був готовий - це славнозвісний «Духовный Регламент».
Петро I постановив скасувати патріархат у Росії, а «Духовный Регламент» цілком віддав, йому до рук усю Церкву. Регламент узаконив широке втручання світської влади до церковних справ, і сама Церква віддана під управу царської влади. Петро створив нову державну установу - Духовну Колегію, що звалася «Святейший Всероссийский Правительствующий Синод». Кожен член Синоду мусив присягнути на вірність цареві, а в цій присязі вже відкрито було: «Исповедую крайняго судью духовныя сея Коллегии быти - Самого Всероссийскаго монарха», цебто Головою Церкви ставав цар...
Цар відіслав «Духовный Регламент» до Сенату, де його перечитали, а другого дня цар наказав: «Понеже вчерась от вас я слышал, что проект Духовной Коллегии как архиереи, так и вы слушали и приняли все за благо, того ради надлежит архиереом и вам оный подписать, который потом и я закреплю...»
Петро постановив зібрати підписи всіх архієреїв, а тому наказав їм прибути до Москви на 1 травня 1720 р. й підписати; такі «збірні пункти» були ще в Казані та Вологді. Регламента повіз «добрий офіцер» полковник Давидов, а йому наказано, щоб підписали всі єпископи та архімандрити, а хто не підпише, щоб дав писемне пояснення, чому, а сам з того міста не виїздив... Звичайно, ніхто не відважився не підписати. Таким чином, «Духовный Регламент» набув ніби канонічної сили, і 25 січня 1721 р. Петро видав маніфеста про Нову Духовну Колегію, а 14 лютого того ж року розпочав свою працю й Синод.
Але московський уряд любив усе робити канонічно, а тому Петро I 30 вересня 1721 р., коли Синод уже розпочав свою працю, звернувся до Царгородського патріарха Єремії, просячи поблагословити новий устрій Церкви його та всіх інших патріархів. При цьому Петро описав утворення Синоду так, що опустив усе, що видавалося б неканонічним, і багато поперекручував та змінив. Через два роки, 23 вересня 1723 р., реформу Петра поблагословили патріархи Царгородський та Антіохійський, звичайно за відповідну «допомогу», а інші - зріклися...
На чолі Синоду з 1722 р. став обер-прокурор, особа світська, що була «оком царевим» над усіма духовними справами. Влада обер-прокурора була дуже велика, і з того часу цар став фактичним головою Церкви, Що, зрештою, за Павла І й було узаконено 1797 р., як 43 стаття основних законів. По єпархіях запроваджено незабаром відповідні установи, що пізніше звалися «Духовними Консисторіями» (1841 і 1883 рр.) й мали в собі «око оберпрокурора» - секретаря. Так царська влада всеціло запанувала над Церквою в Росії.
І з того часу Церква наша втратила остаточно соборноправність. В Україні 250 років (1667-1918) не було вже крайових соборів - їхню функцію присвоїв собі царський уряд та Синод.
Духовенство, залякане й загнане, не осмілювалося протестувати проти самоуправи Синоду, бо ним керував властиво сам цар. За цариці Єлизавети на; сильніший протест відважився тільки українець - митрополит ростовський Арсен Мацієвич, що просив царицю скасувати Синод як установу неканонічну. Коли прохання не було вважене, Мацієвич просив змінити неканонічну форму присяги членів Синоду - щоб у присязі головою Синоду вважати Ісуса Христа, а не царя. Коли не вволено й цього прохання, відважний митрополит таки не присягнув і зрікся членства в Синоді...
Отож з цього часу митрополита та єпископів уже не обирав, собор в Україні, а призначав Святійший Синод. Самостійність суду Київського митрополита скасовано - цю прерогативу забрав тепер собі Синод.
Потроху починають посилати в Україну чужих їй людей, хоч давня традиція вимагала, щоб духовні посади займали тільки свої, українці. Поволі захоплюють чужі люди наші монастирі. Так, 1743 р. ченці Києво-Межигірського монастиря скаржились, що їм тепер призначають ігуменів, тоді як раніше у них було не так: «Когда умрет игумен или архимандрит, - писали ченці, - то змежду братии того же монастиря оберет братия к такому начальству згодного мужа, и поставляется игуменом, а не из иншого монастиря, которий чин был издревле... А ныне заслужоные присылаются архимандритами; но оные архимандриты, которий приедет в наш убогий монастирь, то по своей похоти поступает, как хочет, и чина церковнаго и нашего уставу монастырскаго не смотрит, и соборной братии никогда в совет не призывает, но сам собою всякое дело затевает и делает по прихотях своих» ( Петров Н. Акты... Т. I, Ч. l, C. 109).
Церковні братства, що так уславились були в Україні, потроху припиняють свою діяльність, бо уряд їх забороняє.
Синодальний устрій Російської Церкви, що тягнувся довгих 197 літ (1721-1918) і що приніс повне поневолення Церкві, був грубо неканонічний. Святійший Синод, що поневолив і знищив Українську Церкву, повстав проти ясного свідчення канонів царською силою та симонією. Як правдиво казав славний письменник М. Достоєвський, Російська Церква опинилася в «паралічі»... Більше того, Російська Церква за час свого синодального ярма перестала існувати як канонічна церква серед інших православних церков...
