Найвищий представник Української Церкви митрополит Київський Сильвестер Коссів відразу ж став у тиху опозицію до Москви. У день приїзду царського посланця Бутурліна до Києва, 16 січня 1654 р., митрополит Коссів правив у Софійському соборі молебня й сказав промову, від якої плакало духовенство. По молебні Бутурлін з докором запитав митрополита, чому він про приєднання України «Его царскому величеству челом николи не бивал, и не писывал, и Его царской милости к себе не поискал». Коссів ухилився від прямої відповіді - сказав, що про зносини гетьмана з Москвою він нічого не знав, а тепер уже буде молитися Богові й за царя (див.: Акты Южной и Западной России. Т. X. С. 265 - 267).
А далі Коссів відкрито почав виступати проти Москви. Посланці московські вимагали, щоб митрополит привів до присяги на вірність Москві всіх своїх дворових людей, - та митрополит зрікся, кажучи, що вільних людей неволити не можна (див.: Акты Южной и Западной России. Т. X. С. 255 - 257. - Проте пізніше люди Коссова таки присягнули).
А коли московські воєводи хотіли взяти кусок монастирської землі біля св. Софії, щоб будувати тут фортецю, митрополит рішуче зрікся відступити свою землю. Довго воєводи вговорювали митрополита, але він усе стояв на своєму. «Если хотите, - доносили, що казав він, - черкас уберечь, то оберегайте верст за 20 от Києва и больше...». А далі «митрополит учал сердитовать и говорил: будете учнете на том месте ставити город, и я учну с вами биться...». На це воєводи почали докоряти Коссову, що він не однієї думки з гетьманом і що він, певне, тягне руку польського короля. Митрополит розсердився й голосно заявив: «Гетман Богдан Хмельницкий посылал бить челом государю и подался со всем войском запорожским под государеву высокую руку; а он, митрополит, со всем собором бити челом государю о том, что ему быть под государевою рукою, не посылывал, и живет он с духовными людьми о себе, ни под чьею властью...».
А коли воєводи нагадали митрополитові, що спершу був він під польським королем, а тепер уже під Москвою, Коссів відповів: перше був він під королівською владою, а «впредь под ечьею властью велит Бог ему быть, под того властью и будет». А по цьому, писали до Москви воєводи, митрополит «учал нам угрожать: не ждите начала, ждите конца, увидите сами, что над вами будет вскоре» (там же. Т. X. № 8).
Пізніш виявилось, що митрополит справді мав зносини з поляками й тягнув до них. Так, грек Іван Тафлари розказував у Москві, що Київський митрополит і вище духовенство «присылали на сейм к королю польскому двоих чернцов с объявлением, что им с Московскими людьми быть в союзе невозможно и они этого никогда не желали; Москва хочет их перекрещивать: так чтоб король, собравши войско, высвобождал их, а они из Киева московских людей выбьют и будут под королевскою рукою по-прежнему...» (там же. Ч. 1. Р. 5. С. 44).
Крім цього, від імені митрополита та Печерського архимандрита чернець Криницький записав до Луцьких книг протеста проти приєднання України до Москви (див.: Чтения в Моск. общ. истории и древн. росс. 1861. III. смесь, 5 - 8).
Ось так відносився до Москви митрополит Київський, його поведінку легко собі пояснити. Москва довго тягла переговори з Хмельницьким, та ще й тепер не було відомо, чим остаточно ці переговори закінчаться; а між тим духовенство присягало ж королю польському, а тепер від нього вимагали зламати цю присягу; Коссів боявся взагалі встрявати в цю справу, бо вернувшися, поляки суворо б помстилися духовенству як зрадникам.
Така поведінка митрополита відразу надала певного тону стосункам вищого українського духовенства з Москвою, тому Москва стала дуже обережна в справі приєднання Української Церкви під владу Московського патріарха. Питання про таке приєднання виникло вже вповні за Богдана Великого, але Москва боялася тут голосного протесту духовенства й тому чекала зручнішої пори.
Бачачи, що на Українську Церкву йде велика загроза, митрополит Коссів десь у липні - серпні 1654 р. вирядив спеціальне посольство до царя Олексія Михайловича, на чолі з Миколопустинським ігуменом Інокентієм Гізелем. Посольство просило царя не рушати прав Української Церкви; «духовных московских на всякие начальства до Малыя России чтобы его Царское Величество не присылал»; «чтоб никоторого духовных наших насилием до Великия России не затягали» і т. ін. Голова посольства особливо підкреслював «о первой вольности, яже есть всех вольностей и прав кремнем», - щоб Церква Українська осталася й надалі під владою Царгородського патріарха, «до которого нас и право Божие чрез св. апостола Андрея Первозванного и каноны св. отець прилучили и совокупили» ( Акты Южной и Западной России. Т. X. № 16).
Цар прийняв посольство в таборі під Смоленськом, де тоді він був; дрібні прохання він задовольнив, але важніші лишив без відповіді... І ось така невдача цього посольства знову настроїла вище духовенство в опозицію до московських намагань приєднати Українську Церкву до Московської.
А між тим час Богдана Великого був найвідповідніший для приєднання Української Церкви. Великий гетьман на початку й сам мав цю думку, але згодом, переконавшись в нещирості Москви, полишив її. Московським патріархом був тоді Никои, людина, що любила українців та їхню освіту; так само й українці дуже поважали цього владику. Никон допомагав Хмельницькому в його справах у Москві і мав віддавна думку приєднати до себе й Церкву Українську. Коли в кінці квітня 1654 р. патріарх Никон благословляв московське військо, що вирушило в Україну, воєвода А. Трубецькой, відповідаючи, назвав Никона «патріархом усієї Великої й Малої Росії» (Харлампович К. Малороссийское влияние на великорусскую церковную жизнь С. 164).
Року 1654-го завойовано Білорусь, і єпархії Могилівську, Смоленську та Полоцьку без особливих надумувань просто приєднали до Церкви Московської, і там відразу почали заводити московські порядки. У грамотах своїх Никон почав був навіть писатися патріархом Великої, Малої та Білої Росії (див.: там же. С. 171).
Але з Україною, що добровільно пристала до Москви на федерацію, не можна було поступити так, як з Білоруссю, а тому справа приєднання Української Церкви так і лишилася тоді не вирішеною.
Бажання забрати Українську Церкву було таке сильне, що в московському «Прологові» друкували тоді молитву царя та -його родини до митрополита Олексія, як патрона Московської Церкви: «О еже престолу Киевскому соединитися з богопоставленным престолом Московским, и княжению Малороссийскому совокупитися с богохранимым Великороссийским царством». І тільки Св. Синод у XVIII віці скасував цю молитву, «понеже Малая Россия, также Киевская и другия оной страны епархии с Великою Россиею соединены, и имеются в одной Великороссийской епархии».
