Зібрався наприкінці 1666 р. й московський Собор, на який запросили східних патріархів. З українців прибули тільки відомі «слуги московські» (Харлампович К. Малороссийское влияние на великорусскую церковную жизнь. С. 194 - 195) - єпископи Мефодій, Феодосій Углицький та Лазар Баранович; цей останній мав 63 чоловіки оточення.
Але Собор мав досить справи з патріархом Никоном, а Української Церкви торкнулися тільки випадком. Так, патріархи Олександрійський та Антіохійський були розпорядилися, щоб ніхто з московських ієрархів не носив хреста на митрі; цього розпорядження не виконали тільки Баранович та Мефодій, заявивши, що цього привілея вони мають від самого патріарха Константинопольського. Цей дрібний інцидент відразу підкреслив усім незалежність Української Церкви, на яку сила Собору не стосується.
Крім цього, на Соборі був зачитаний перехоплений лист Никона до Царгородського патріарха, в якому Никон осуджував втручання Церкви Московської до справ Церкви Української; наприклад, поставлення Мефодія
Филимоновича він назвав неканонічним. Але справа про Українську Церкву не могла бути вирішувана Собором, бо на ньому не було представника від Царгородського Патріарха.
Але московський уряд не кидав-таки думки, щоб Собор остаточно вирішив справу приєднання Української Церкви до Московської. Насіли на патріарха Олександрійського Паїсія, але той рішуче заявив, що він до чужої єпархії ніякого права не має... Програв справу московський уряд і тут. Та в цей час і київський воєвода Шереметьєв, знаючи настрій українського духовенства, писав, що «московскому митрополиту в Киеве никоторыми мерами быть нельзя» (Акты Южной и Западной России. Т. V. № 50. С. 147).
Але цього часу трапилась подія, що стала переломною в справі приєднання Української Церкви до Московської - 13 січня 1667 р. підписано так зване Андрусівське перемир'я. Це був один із найтрагічніших актів української історії: Україну розшматовано на дві частини: Правобережжя відходило до поляків, Лівобережжя лишилося за Москвою; Київ, найбільша святиня українська, через два роки так само мав відійти до поляків.
Для київського духовенства Андрусівський мир був найболючішим ударом: перспектива опинитися знову під Польщею тепер, коли не один із вищого духовенства так чи інакше був уже заангажований у справах з Москвою, така перспектива відразу охолодила багатьох. Київське духовенство так уже звикло було до думки, що воно житиме за міцними плечами Москви, але збереже собі всі колишні свої привілеї. Духовенство насторожилось і не знало, з чого йому почати. Москва справу Київського митрополита, звичайно, припинила як нереальну тепер для неї.
Але хитрий Баранович виграв і тут. Владика собі думав, що коли Київ відійде до Польщі, то Чернігів мав би стати тоді центром церковного управління з ним, Барановичем, на чолі. І Баранович таки добився собі того, що Собор оголосив 8 вересня 1667 р. його єпархію архієпископією, а його - архієпископом з правом служити в саккосі. Правда, на початку патріарх Константинопольський опротестував ці підвищення без його дозволу.
Настав 1668 рік. Брюховецький загинув, переконавшися в кінці в зрадливості московської ласки. Гетьманом обох боків Дніпра став Петро Дорошенко. На митрополичий Київський престол сів тепер українець-патріот Йосип Нелюбович-Тукальський, що мав уже й благословення від патріарха Константинопольського.
Тукальський почав виступати рішуче проти всього, що було зв'язане з Москвою. Так, він наказав, щоб по церквах не поминали більше царя Олексія, а щоб поминали гетьмана Петра. Попався в його руки й єпископ Мефодій Филимонович - він зняв з нього панагію й мантію та й заслав в Уманський монастир. «Не достоїн ти бути в єпископах, - передав йому митрополит, - бо прийняв рукоположення від московського патріарха» (Соловьев С. История России. Т. III. Р. XII. С. 357, 361 - 363). Поплатилися й приятелі Мефодія, взагалі всі москвофіли.
Але Дорошенко не вдержався, не вдержався з ним і Тукальський. Опікшись на Польщі та Москві, Тукальський намовив гетьмана єднатися з Турцією, яка врешті так само страшно спустошила Україну. Це знову кинуло Тукальського, а також і вище київське духовенство шукати порятунку таки в Москві...
