Цього часу, 10 травня 1663 р., помер вигнанець з своєї митрополії митрополит Діонисій Балабан. Вище київське духовенство заворушилося, щоб нарешті посадити на Київську митрополію свою людину, далеку від московських впливів. Наказний гетьман Сомко йшов із ними разом.
Духовенство звернулося до єпископа Барановича, просячи його стати містоблюстителем Київської митрополії. Старий хитрун, добре обрахувавши реальні відносини, відмовився хворобою, й навіть не послав своїх людей на вибори гетьмана, через що Сомко впав, а гетьманом обрано, за вказівками Филимоновича, московського ставленика Брюховецького, його свата. Вище духовенство, що стояло за Сомка й хотіло на цих виборах поставити справу обрання нового митрополита, мусило змовчати; взагалі воно тепер усю справу програло.
Патріарх Царгородський на прохання Москви зняв свою анафему з єпископа Мефодія, і київське духовенство примушене було таки визнавати Филимоновича містоблюстителем. Але справа знову скоро заплуталася, бо на Правобережжі українці обрали аж двох митрополитів - єпископа Йосипа Тукальського та єпископа Антонія Винницького; король обох їх затвердив. Так появилося аж три претенденти на Київську митрополію; правда, українського патріота єпископа Тукальського польський уряд скоро ув'язнив, і той пробув у в'язниці аж два роки (1664 - 1666).
Єпископ Мефодій почував себе тепер у силі й часто давав вказівки навіть самому гетьманові. Обидва вони із шкури лізли, аби тільки вислужитися перед Москвою - і на цьому вони й розсварилися ще з 1663 р. й почали без кінця доносити один на одного. Року 1665-го Филимонович побував у Москві і там багато наговорив на Брюховецького; через два місяці потому прибув до Москви й Брюховецький. Щоб позбутися неспокійного суперника, гетьман просив у Москві, щоб до Києва прислали митрополита-москаля, бо тільки такий ніби внесе заспокоєння після того, чого накоїв єпископ Мефодій.
Цього часу й Филимонович уже переконався, що бажання Москви йдуть тільки на те, щоб знищити права Української Церкви. З цього часу й він став трохи скоса поглядати на те, що мала робити Москва в Україні.
На початку 1666 р. вернувся з Москви Брюховецький, і відразу пішла чутка, ніби гетьман у Москві просив для Києва митрополита-москаля. Усе вище духовенство занепокоїлося й запитало про це Брюховецького. Лукавий гетьман відповів, що він стояв за вибори митрополита в Києві, але навряд чи на це погодяться в Москві.
Духовенство повірило гетьману, що в Москві вже ламають стародавні права Української Церкви, і 22 лютого явилося до київського воєводи П. Шереметьєва. Филимонович випитував воєводу, чи то правда, що ніби «указал великий государь быть в Киеве митрополиту из Москвы»... А по цьому, все більше дратуючись, єпископ «закричал с сильною яростию: «Если будет на то великаго государя изволенье, что отнять у нас наши вольности и права и быть у нас митрополиту из Москвы, а не по нашему выбору, то пусть великий государь велит нас всех казнить, а мы на это не согласимся... Если приедет к нам в Киев московский митрополит, то мы запремся в монастырях, и разве нас из монастырей за шею и за ноги поволокут, тогда только московский митрополит в Киеве будет... Нам лучше смерть принять, нежели митрополита из Москвы...» (Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С. 78 - 79). Це були думки всього нашого духовенства.
Але від Филимоновича це був тільки солом'яний: вогонь. На другий день до Шереметьева знову явився Филимонович, але вже сам, він просив вибачити йому вчорашні речі, бо говорити так він змушений був - духовенство йому, як московському ставленику, не довіряє й ненавидить його. Єпископ Мефодій додав, що коли цар буде писати патріарху Константинопольському віддати Москві Українську Церкву, то й тоді українське духовенство буде домагатися, щоб йому залишено старі його вольності.
Стурбоване українське духовенство 4 березня послало до Москви особливе посольство, щоб дозволили вибрати в Києві, за давніми правами, митрополита; вговорили написати про це до Москви й впливового Барановича, але той написав листа в такій хитрій формі, що трудно було сподіватися доброї відповіді. У Москві відповіли - справу Київського митрополита відкладають на вирішення Собору, що тоді саме збирався судити Никона.
