Реальний кандидат на Київську митрополію Чернігівський архієпископ Лазар Баранович відразу добре зорієнтувався й побачив, що гетьман тягне на митрополію свого свата Гедеона; знало про це, звичайно, й усе вище духовенство. І Баранович пішов на хитрість: як містоблюститель, він універсалом закликав духовенство на вибори, а сам тихо оголосив бойкот їм.
Настав день виборів, 8 липня 1685 р. З Батурина від гетьмана прибуло на вибори багато посланців, серед них осаул Іван Мазепа, Переяславський полковник Леонтій Полуботок, а духовенства прибуло надзвичайно мало - прибули переважно москвофіли. На вибори не прибув архієпископ Баранович і все значне духовенство. Законність вимагала відкласти ці вибори, але гетьманські посланці настояли на своєму. Вибори відбулися - одноголосно обрали на Київського митрополита єпископа Гедеона.
Собор відправив до єпископа Гедеона депутацію на чолі з відомим москвофілом ігуменом Видубецьким Феодосієм Углицьким; князь Четвертинський вибори смиренно прийняв і погодився «прийняти жезл архипастирский не от кого другого, как от московскаго патриарха» (Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С. 103). З того часу єпископ Гедеон став клятвопреступником, бо давніше він присягав бути вірним патріарху Вселенському...
Гетьман поспішив донести Москві про вибори, але в своїм листі все-таки настоює зберегти права Української Церкви й скоріше впросити патріарха Константинопольського, щоб відступив Українську Церкву Москві; а в кінці Самойлович писав: «Покорственно докладываю, что новообранной митрополит взял благословение (на єпископію Луцьку) от святейшаго Константинопольскаго патриарха и учинил присягу никогда не отступать от послушания того Константинопольскаго престола», а тому Гедеон просить поклопотатися, щоб «на ту присягу свою разрешение имети мог...» (Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С. 71. № XIV). Видно, заговорило сумління і в Гедеона...
Стурбоване українське духовенство, бачачи, як пішла справа, незабаром зібралося на другий Собор і різко протестувало проти виборів Гедеона; особливо виступав великий учений свого часу Печерський архімандрит Варлаам Ясинський. Духовенство об'явило, що перший Собор був незаконний і не мав права вирішувати такої великої справи, як передача Української Церкви Москві, бо це діло всієї Церкви.
Свій протест духовенство записало й відіслало гетьману Самойловичу. В цім протесті духовенство виразно зазначило свої погляди на всю цю справу. Найперше вони підкреслюють, що не мають права рішати справи підлеглості Української Церкви Москві - це справа самого Константинопольського патріарха: «так на той час без сумнения, - писали вони, - отлучимося от Константинопольского исконного отца своего, кгды очима нашима обачим и ушима услышим цессию (передачу) царегородцкаго патриарха московскому» (Там же. С. 57).
Далі підкреслює духовенство, що Церква Українська, піддавшися Москві, втратить свої старовічні права, на шкоду самій Церкві, - і перераховують ці права.
У другім листі протестуюче духовенство розказує, що Москва забрала вже Білгородську єпархію і завела там свої порядки - і такі ж самі порядки заведе й у Києві.
Ось які порядки заведено тоді в нашій Білгородській єпархії. Коли тільки священик через свою вбогість не давав данини митрополитові чи коли миряни не давали митрополитові відкупного за церкву, то за це «священника на правеже палицею по литкам затинают... Дьячки, пономари, ктитори подводы одбувают, дань роковую дают архиерею, для чего великое стало в церквах на слуг церковных оскудение... Кто утонет, кого гром убьет, албо наглою умрет смертию - платят за тое вину по гривне митрополитови... Слуги архиерейские по попам с перначами (знаками) ездят... Парохиялным священником викариев от престола, естли б не по любви был, не волно оставить и другого викария приняти не вольно... Книги наши Киевския скасовано, а наслано Московския, чево и в нас сподевати бы ся треба... Церковное пение и служение отменено, а все по-московськи поставлено, до чего наши люди не скоро могут привыкнути... Дети малыя, некрещенны, не поливати, але погружати священницы должны: и много неуместные священницы, а к тому не привыклые обычаю, детей в слободах потопили... Священника за вину волно шелепами, рубаху снявши, бити, - и вышняго чину духовнаго людям так же чинят...» (Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С. 60 - 61. № XII).
Ось такі порядки заводила тоді Москва у нас в Україні... Звичайно, духовенство наше все це добре знало, а тому й протестувало проти загарбання Української Церкви, як тільки могло.
Щоб повідомити царя та патріарха про вибори, гетьман і новообраний митрополит відправили до Москви посольство з Феодосієм Углицьким на чолі. Посольство повідомило про вибори, але також просило не рушити стародавніх прав Української Церкви. На Москві цими виборами були надзвичайно задоволені, і патріарх Яким поспішив закінчити таку важну справу - написав Гедеону, щоб приїздив до Москви за благословенням.
