У жовтні місяці 1685 р. виїхав новообраний митрополит Гедеон до Москви за благословенням. З ним було різного оточення 45 чоловік. До Москви Гедеон прибув 24 жовтня, і там прийняли його дуже врочисто та милостиво; крім харчів, митрополиту призначено по 3 рублі денно.
Посвята відбулася 8 листопада в Успенськім соборі, в присутності царів. І стоячи перед патріархом Московським серед церкви, Гедеон присягав: «Обещаюся повиноватися всегда отцу моему, великому господину, святейшему кир Иоакиму, патриарху московскому, и аще случится и по нем будущему святейшему патриарху московскому, и всему преосвященному Собору - российским преосвященным митрополитам, архиепископам и епископам, братии моей, во всем согласну быти, и любовь духовную вседушно к ним имети и яко братию почитати я... Аще же отцу моему, святейшему кир Иоакиму, патриарху московскому, и по нем будущим патриархам и всему святейшему собору явлюся непослушен или противен или от него в особность восхощу отступити и епархию, мне врученную, каковым либо образом ему, отцу моему, в чем непослушну сотворю, и тогда абие лишен буду всего сана своего и власти... Во известную же крепость и вечное утверждение, сие мое обещание, подписав моею рукою, вручаю отцу моему великому господину, святейшему патриарху московскому...» (Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С. 103 - 104).
Після посвяти митрополит Гедеон одержав у грудні місяці дві грамоти - від царів Івана, Петра й царівни Софії та від патріарха. Царі затвердили більшість старих прав Української Церкви. Вони писали: «И мы, великие государи, цари и великие князи, Иоанн Алексеевич, Петр Алексеевич и сестра наша Софья Алексеевна, изволили весь митрополии Киевской причт и чин духовный пожаловати - для утверждения той Киевской митрополии и в подтверждение прежних духовнаго чина прав и волностей, сию нашу царскаго величества милостивую жалованную граммату дать повелели: что впредь судам митрополии Киевской в своей епархии быти и отправлятися по прежним обычаям, и никому от тех судов в царствующий наш град Москву с челобитьем не приходити, и патриарху московскому в те суды не вступатися и челобитен ни у кого не принимать, а быти той Киевской митрополии в таком же соблюдении, в какове она была до сего времени под благословением святейшаго вселенскаго константинопольскаго патриарха, как в митрополичей чести, так и во исправлении духовнаго чина и церковнаго, и в сохранении начала, прав и волностей обыклых, обретающихся по исконному обычаю... и все обыкновения прежния без применения волно содержати... На архиерейский престол в митрополиты обирати волною елекцыею мужа из тамошних природных обывателей... И сею нашею жалованною грамотою обнадеживаем и утверждаем, и в том быти на нашу государскую милость во всем надежным...» (Полное Собрание Законов Российской Империи. 1830. Т. XI. № 8334. С. 364 - 365; Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С 98-99).
Грамота патріарха має вже інший характер - він про права Київського митрополита промовчав, але вже відразу попробував поставити Гедеона на становище звичайного митрополита, він наказав йому, «ради единочества с протчими российскими митрополитами», носити білого клобука, чого доти в практиці Української Церкви не було. Крім цього, митрополит зве Гедеона «митрополитом Киевским, и Галицким, и Малыя России», тоді як у титулі українських митрополитів споконвіку було: «и всея России...» (Там же. С. 124 - 145).
Так потроху почали відбирати права від київських митрополитів.
Грудня 14-го відпустили Гедеона додому. Весело вертався новий митрополит: у Москві йому подарували карету, обшиту оксамитом, з мідною оздобою, і шестеро карих коней... Це на те, щоб заспокоїти неспокійне сумління Гедеона, бо він же давніше присягав на вірність патріарху Константинопольському...
Задоволений був також і гетьман Самойлович - він досяг свого: в царській грамоті митрополиту Київському наказали: «В делах приключающихся Малыя России, как в военных, так и в росправных, воля ему, преосвященному митрополиту, и впредь по нем будучим митрополитам Киевским, быти не имеет и вступати не довлеет понеже то належит подданому нашему, гетману Ивану Самойловичу, и впредь по нем будучим гетманам» (Архив Южной и Западной России. Ч. 1. Т. V. С. 123).
Так українське вище духовенство було упокорене й позбавлене не тільки своїх церковних прав, але й свого споконвічного впливу в справах політичних...