Таким способом крок за кроком і рік за роком силою відбирали від Української Церкви її національні права та окремішності й зрівнювали її із звичайними російськими митрополіями. Українське патріотичне духовенство ввесь час переслідували - і поодинці, і всіх разом.
Переслідування українського духовенства московський уряд та св. Синод робили насамперед в оцих трьох напрямах: 1) принижування духовного стану, щоб захитати його повагу в народі, 2) матеріальне збідніння його, бо бідний священик усе буде слухняніший від заможного і 3) поневолення духовенства, бо воля була головною ознакою українського духовенства. Московський уряд хотів зробити із свого духовенства покірливе знаряддя для нецерковних цілей.
Московське духовенство віддавна не мало прав і віддавна підпало в повну залежність від світської влади. Як ми бачили, воно не співчувало новим реформам Петра I й чинило йому прихований опір. У відповідь на це Петро повів планове принижування російського духовенства, а це, звичайно, перенеслося й на духовенство українське.
Як знаємо, Петро I заснував при своєму дворі скандальну пародію на Святійший Синод - «Сумасброднейший, всеплутейший и всешутейший собор» і на ньому богохульно висміював духовенство. «Собор» цей мав «славить Бахуса питием непомерным», нового члена запитували: «пиешь ли» й т. ін. «Собор» складався з п'яниць, що витворяли речі, про які не прийнято писати. Це, звичайно, сильно вплинуло на російську інтелігенцію, що завжди була не від того, щоб посміятися з духовенства.
Доходило до того, що «височайші особи» сміялися над духовенством навіть публічно в церкві. Так, Петро III дражнив священиків у церкві, а коли диякон ішов з Євангелією з вівтаря, висолоплював йому язика... Щоб посміятися над своїм духовенством, він видав був наказ, щоб воно поголило бороду й зодягнуло коротку одежу. Але скора смерть царя припинила це посміховище.
Петро I зовсім не довіряв духовенству, а тому з 1721 р. встановив над ним поліційний догляд - це інститут так званих інквізиторів. Обер-прокуророві Синоду підлягав і доносив йому протоінквізитор, а тому підлягали провінціалінквізитори, а вже ті мали під собою сонми рядових інквізиторів. Ці інквізитори пильно доглядали за поведінкою та діяльністю всього духовенства, від єпископа починаючи. Інститут інквізиторів був не тільки дошкульним ударом по духовенству, але й публічною зневагою його. Правда, цей всесвітній скандал відмінили 1727 р., хоч і не зовсім: духовенство віддали під таємний догляд жандармів...
Взагалі ж Синод і далі провадив поліційні обов'язки над своїм духовенством і пильно доглядав за його поведінкою, особливо політичною. Через те ж, що інквізитори не могли за всім доглядіти, наказувалося єпископові хоч раз на рік об'їздити свою єпархію й пильно придивлятися за духовенством.
Не спинився Петро навіть перед тим, щоб стежити й за найсвятішим людини - за його сповіддю перед священиком. «Духовний Регламент» наказував, щоб священик, почувши на сповіді щось політичне, конче, заразтаки доносив про це поліції... Таким чином, священика хотіли обернути в звичайного поліційного шпига, а за недонесення страхали тяжкими карами: «Лишения сана и имения и лишения живота». Цікаво, що ці шпигунські обов'язки духовенства Регламент доводить навіть Св. Письмом: «Аще согрешит к тебе брат твой, иди и обличи его... аще же не послушает, повеждь церкви...» Цікаво, що цей протиканонічний наказ про сповідь увійшов до XV тому «Свода Законов» (с. 585-586)...
На священиків та на деканів накладали обов'язок слідкувати, чи не перебуває хто в селі без пашпорта, чи взагалі не живе хто підозрілий або який дезертир, і доносити про це поліції...
Налякане духовенство не могло противитися, а це все викликало серед нього великий розлад та пошесть доносів.
На духовенство сипались тяжкі кари з усіх боків. Бувало, що приходили сповідатися підіслані провокатори, щоб випробувати священика. Духовна Консисторія так само грубо поводилася з духовенством і тяжко його карала. Звичайно бувало, що коли священика кликали до Консисторії на суд, то його арештовували й заковували в кайдани, а потім робили тяжкий допит. Кари на тілі духовенства були звичайною річчю і скасовані тільки за Олександра І. За найменші підозріння хватали навіть єпископів, позбавляли сана, розстригали і навіть карали на горло...
Звичайно, такий стан російського духовенства докочувався й до України, бо й там стали переслідувати всю Церкву. Сильне переслідування розпочав Петро I, а Катерина II повела вже планове, обдумане обрусіння.
Так, Катерина II при обсадженні вищих церковних посад завжди давала перевагу москвинам, а українців почала засилати на далекі єпархії.
Українська Церква мала великі маєтки, і вони не давали спокою войовничій цариці. Ці маєтки Церква вживала на утримання своїх шкіл, шпиталів, друкарень і т. ін. Цариця забрала церковні маєтки в Росії ще 1763 р., але в Україні через сильний спротив духовенства не могла їх легко забрати - відняла їх аж 1786 р. Замість забраних земель встановили для Церкви «милостивий штат»... Цими штатами вільне українське духовенство перетворилося в державних урядників, як то було в Росії.
Усе це сильно розкладало духовенство, відривало його від свого народу, родило байдужість до Церкви, сіяло атеїзм. Нижче духовенство було безправне й залякане, а єпископи стали тиснути його. Нерідко доходило до публічних скандалів. Так, про єпископа Кирила Флоринського сучасник розповідає, що «преосвященний завжди, навіть за Службою Божою, доходив до такого роз'ярення, що кому з підвладного духовенства трикирієм бороду підпалить, кому жмут волосся вирве, кому кулаком дасть у зуби, кого пхне в живіт ногою... Усе це робить, лаючися на всю церкву, де б то не було - чи у вівтарі, чи серед церкви, особливо ж у той час, як на його одягають святі шати...» А архангельський архієрей Варсонофій «на сам Великдень звелів свому соборному протопопові з священиками та дияконами простояти всю Службу Божу босими на снігу... Підпивши, він власноручно карав духовних осіб по тілу, казав водити їх на ланцюгах кругом церкви» (Лотоцький Ол. Автокефалія. Т. II. С. 433).
Давніше духовенство в Україні було тільки з місцевих громадян, а тепер зачали сильно обсаджувати всі посади росіянами. А 1799 р. Синод призначив чужинця, молдаванина Гавриїла Банулеско навіть митрополитом Київським.
