В конце XVI в. эстонцы оказались под властью Швеции и вскоре приняли лютеранство - религию своих правителей. В начале XVIII в. эту территорию завоевал Петр I. При русском правлении, особенно в XIX в., многие эстонцы перешли в православие. К тому же сюда прибыло немало русских, благодаря чему в Эстонии оказалась значительная православная община.
После отречения в 1917 г. русского царя Николая І Эстония провозгласила независимость, и в 1920 г. была признана советской властью. Имея в виду эту независимость и гонения на Русскую Православную Церковь, епископ Таллинский Александр обратился к Вселенскому Патриархату с просьбой принять Церковь под свою юрисдикцию.
7 июля 1923 г. патриарх Константинопольский Мелетий IV издал Томос, принимающий Эстонскую Православную Церковь и дарующий ей автономию. Он присвоил епископу Александру титул митрополита Таллинского и всея Эстонии. К 1940 г. Церкви принадлежало 210.000 верующих, 3 епископа, 156 приходов, 131 священник, 19 диаконов, 2 монастыря и духовная семинария. Большинство верующих было эстонцами.
В 1940 г. Советский Союз аннексировал Эстонию. Во время Второй мировой войны страну оккупировали немцы, но в 1944 г. сюда вернулась советская власть. Митрополиту Александру вместе с 23 священниками пришлось эмигрировать в Швецию. Церковь, обосновавшаяся в Стокгольме, осталась под юрисдикцией Вселенского Патриархата, в нее входило около 10.000 эстонцев, живущих во многих странах.
После кончины в 1953 г. митрополита Александра Вселенский патриарх поставил нового эстонского православного епископа Юрия Вяльбе главою Эстонской Православной Церкви в Стокгольме. После его кончины в 1961 г. местные эстонские приходы были переданы под управление епископов Вселенского Патриархата.
Что касается Эстонской Православной Церкви в Эстонии, то после аннексии Эстонии она была присоединена к Московскому патриархату. В 1978 г. по требованию Русской Православной Церкви Вселенский Патриархат объявил Томос 1923 г., учреждавший автономную Эстонскую Церковь, недействительным. К концу советского правления в Эстонии русские, по причине демографического сдвига, составляли здесь большинство православного населения.
После распада СССР и восстановления в 1991 г. независимости Эстонии в ее православной общине разгорелся спор между теми, кто желал сохранить связи с Московским патриархатом, и теми, кто хотел восстановить автономную Эстонскую Православную Церковь под юрисдикцией Вселенского Патриархата. После долгих переговоров между Константинополем и Москвой соглашения достичь так и не удалось.
20 февраля 1996 г. Священный Синод Вселенского Патриархата возобновил действие Томоса 1923 г. и учредил автономную Церковь под своей юрисдикцией, назначив архиепископа Иоанна Финляндского местоблюстителем предстоятеля этой Церкви. Московский патриархат отреагировал быстро и решительно: он порвал отношения со Вселенской Патриархией и перестал поминать имя Вселенского патриарха на литургии.
В апреле 1996 г. делегации обеих сторон встретились в Цюрихе (Швейцария) и достигли по этому вопросу принципиального соглашения. 16 мая оба Священных Синода приняли рекомендации Цюрихской встречи. Соглашение допускает существование в Эстонии двух параллельных юрисдикций, причем приходам предложено самостоятельно решить, относиться ли им к Эстонской Церкви, находящейся в юрисдикции Вселенского Патриархата, или к входящей в Московскую патриархию епархии. Константинополь наложил четырехмесячный мораторий на свое решение от 20 февраля об учреждении автономной Эстонской Церкви, а Московская патриархия согласилась отменить прошения, наложенные на примкнувших к автономной Эстонской Церкви. Оба патриархата готовы сотрудничать с эстонским правительством, с тем чтобы все эстонские православные могли воспользоваться равными правами, в том числе правом на собственность. В результате соглашения было восстановлено полное литургическое общение между Москвой и Константинополем, а имя патриарха Варфоломея вновь внесено в диптихи в Москве.
Из 80 православных приходов Эстонии 50 приходов с 7.000 верующих присоединились к новой Эстонской Апостольской Православной Церкви под юрисдикцией Константинополя. Остальные 30 приходов, в которых намного больше верующих (от 50.000 до 100.000), и монашеская община Пюхтицкого монастыря остались в Таллинской епархии Русской Православной Церкви.
13 марта 1999 г. Священный Синод Вселенского Патриархата избрал епископа Назианзинского Стефана митрополитом Таллинским и Эстонским. Митрополит Стефан (род. в 1940 г. в Заире, посвящен в сан епископа в 1987 г.) пребывал до этого в Ницце (Франция) викарным епископом митрополии Вселенского Патриархата во Франции.
Адрес ЭАПЦ в интернете: http://www.eoc.ee/
Адрес ЭПЦ МП в интернете: http://www.orthodox.ee/
Источник: Р. Роберсон «Восточные христианские церкви»