Эта Церковь возникла в 1861 г. после прибытия в Японию молодого русского миссионера иеромонаха Николая Касаткина. До своей кончины в 1912 г. он окрестил в православную веру около 20 000 японцев и перевел на японский язык Новый Завет и многие богослужебные книги. За особую роль в основании Японской Православной Церкви он был в 1970 г. прославлен во святых.
Православие в Японии вскоре укоренилось, что позволило ему пережить период враждебных отношений между Россией и Японией. Этот процесс достиг своего апогея в 1972 г., когда был интронизирован первый митрополит-японец Феодосий.
Из-за канонических разногласии с Русской Православной Церковью после большевистской революции 1917 г. Японская Православная Церковь с 1945 г. по 1970 г. находилась под юрисдикцией Американской Митрополии (см. Православная Церковь в Америке). Когда в 1970 г. Московский патриархат предоставил Православной Церкви в Америке автокефалию, последняя возвратила Японскую Православную Церковь под юрисдикцию Москвы, а Москва, в свою очередь, объявила Японскую Церковь автономной.
Таким образом, избрание предстоятеля Японской Церкви должно ныне подтверждаться Московским патриархатом. Автономия Японской Церкви не была признана Вселенским Патриархатом и большинством поместных Церквей. Тем не менее, митрополит Феодосий встречался со Вселенским патриархом Варфоломеем I, который в апреле 1995 г. посетил Японию.
В настоящее время у Церкви 3 епархии, где в 150 приходах служат 30 священников и 5 диаконов. Большинство приходов расположено на северном острове Хоккайдо. Все духовенство - японского происхождения и получило образование в токийской духовной семинарии.
В 2005 г. в Токио, рядом с кафедральным собором Воскресения Христова был образован первый монастырь Японской Православной Церкви. В 2006 г. он был освящен в честь равноапостольного Николая Японского.
Местонахождение: Япония
Глава: митрополит Даниил (родился в 1938 г., избран в 2000 г.)
Титул: Архиепископ Токийский и Всея Японии
Резиденция: Токио (Япония)
Численность: 46 000
Источник: Р. Роберсон «Восточные христианские церкви»